1.固定相

　　色譜理論上講，選擇固定相遵循相似性原則，即用非極性固定相分析非極性物質，用極性固定相分析極性物質，用含芳香基團的固定相分析芳香族化合物。在填充柱時代，這個想法是非常正確的，因為那個時候，分離度是首先需要把握的關鍵因素，分不開，就沒辦法想其它。它的理由在于塔板理論的推論，組分在固定相中有越大的溶解度，同樣的溶解度差異就會產生越大的分離度。但是在毛細管色譜時代，分離度不再始終是分析的主要問題。毛細管具有幾十萬塊塔板，如此大的柱效率，以至于不再需要充分考慮分離問題了。這個時候，樣品兼容性、使用溫度、穩定性、柱流失情況等，都可能成為選擇的主要理由。在雜質較少的情況下，選擇非極性柱具有更高的靈活性和使用壽命。具體選擇主要依據以下規則：

　　1）因為非極性毛細管柱具有明顯的穩定性、高使用溫度、良好的色譜峰型等有利因素，因此易分離物質應首先選用極性小的色譜柱。

　　2）分析氫鍵型物質用氫鍵型PEG柱更佳。

　　3）輕烴或氣體用Plot柱更佳。

　　4）高苯基固定相對芳香族物質保留能力更強。但是分析二甲苯等芳烴異構體，選強極性色譜柱。

　　2.柱長

　　柱長增加一倍，理論塔板數增加一倍，但同時分析時間也增加一倍，分離度由于與柱長的平方根成正比，因此理論上就只能夠得到0.414倍的增加，但實際得到的收益要更小。雖然如此，在分離度難以達到的時候，選擇更長的毛細管柱，仍然是直接有效的方法。

　　3.膜厚

　　膜厚并不能直接影響毛細管柱的理論塔板高度，但他直接影響色譜柱的相比。越大膜厚，色譜柱的柱容量就越大，組分出峰的時間就越晚。在需要更大的進樣量的情況下，選厚膜色譜柱；在需要快速分析的情況下，選薄膜色譜柱。