毛細管色譜柱是目前氣相色譜中用到相對較多的色譜柱，可以說是氣相色譜分離的核心。一根色譜柱的規格描述包括其固定相的種類和內外部尺寸(柱內徑、長度和膜厚等)。不同規格的色譜柱，對樣品的分離結果影響也不盡相同，如樣品分離的洗脫順序、保留時間、分離度和峰形/峰高等。另外，在實際分析應用中，色譜柱的性能指標，如惰性、塔板數和柱流失率等，同樣會嚴重影響到樣品的分離效果。
 

　　毛細管色譜柱的選擇方法：
 

　　理論上講，選擇固定相遵循相似性原則，即：用非極性固定相分析非極性物質，用極性固定相分析極性物質，用含芳香基團的固定相分析芳香族化合物。在填充柱時代，這個想法是非常正確的，因為那個時候，分離度是首先需要把握的關鍵因素，分不開，就沒辦法想其它。它的理由在于塔板理論的推論，即：組分在固定相中有越大的溶解度差異，就會產生越大的分離度。
 

　　但是在毛細管色譜時代，分離度不再始終是分析的問題。毛細管具有幾十萬塊塔板，如此大的柱效率，以至于不再需要充分考慮分離問題了。這個時候，樣品兼容性、使用溫度、穩定性、柱流失情況等，都可能成為選擇的主要理由。
 

　　例如分析甲醇乙醇丙醇等低級醇類，正常應選擇wax類高極性色譜柱。但是在雜質較少的情況下，選擇DB-1這樣的非極性柱具有更高的靈活性和使用壽命。
 

　　如果我們不考慮對樣品選擇性和檢測靈敏度的影響，那么就使用檢測器低響應固定相的色譜柱。比如說含氰基的固定相，像1301、1701、624等這樣的色譜柱就盡量不要與NPD(氮磷檢測器)連用。對于超低流失的固定相，如-1MS或-5MS的柱子，因為它們可以保證檢測基線和噪聲水平，所以在做低或超低檢測限樣品時，超低流失色譜柱是的選擇。