樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組份先被沖洗出，而極性弱的組份會在色譜柱上有更強的保留。常用的反相填料有C18、C8、C4、C6H5等。

　　隨著色譜柱的保護柱長度加長，樣品的保留時間會比使用短保護柱長。一般來說，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或相當即可。保留時間的變化指兩種類型的情況，一種是同一根柱樣品間的保留變化，第二種類型主要是填料的差異造成的，許多實驗都會碰到。

　　不同牌號的色譜柱分離的色譜峰保留時間可在小范圍內移動，但峰的順序和分辨率不變，可改變流速或溶劑強度(反相色譜加水調節)進行校正。如果譜圖中色譜順序發生了變化，或者兩峰重疊在一起，問題就比較嚴重。保留時間發生大的變化，主要由柱填料硅酸相互作用所致，另外有次級保留因素的影響。硅膠為基質的填料表面含有硅醇，有的封尾填料可部分去掉硅醇、不封尾填料的硅膠表面硅醇基更多。酸性或堿性分子可與硅醇發生不同程度的相互作用。硅酸與樣品分子作用的強弱，因不同批號的硅膠和不鍵合相填料而異。即使同批號的硅膠而不同批號的鍵合相也有差異。硅醇對陽離子或堿性樣品影響大。